Η FOODBIOMES αποτελεί μία ερευνητική υποδομή στην Ελλάδα σε επίπεδο έργου, η οποία εστιάζει σε εφαρμογές του μικροβιώματος σε συστήματα τροφίμων. Το έργο αφορά στην  προπαρασκευαστική περίοδο της υποδομής και χρηματοδοτείται στο πλαίσιο της δράσης  “Περιφερειακής Αριστείας” για έρευνα, εκπαίδευση και καινοτομία. Η Ερευνητική Υποδομή FOODBIOMES αποσκοπεί να αποτελέσει ένα Κέντρο Αριστείας και μια πρότυπη Υποδομή έρευνας, εκπαίδευσης και καινοτομίας, συνδέοντας τους τοπικούς φορείς με επιστημονικά κέντρα σε διεθνές και Ευρωπαϊκό επίπεδο,  διαδραματίζοντας, επίσης, σημαντικό ρόλο στην εκπαίδευση και την αναβάθμιση του ανθρώπινου δυναμικού και της τοπικής βιομηχανίας ενισχύοντας παράλληλα και την οικονομία των ακριτικών και νησιωτικών Περιφερειών της Ανατολικής-Θράκης, της Ηπείρου, του Β. Αιγαίου και του Ιονίου.

Βασικοί στόχοι έργου

• Να αποτελέσει βασικό κρίκο διασύνδεσης καινοτομίας-εκπαίδευσης-έρευνας, να υλοποιήσει καινοτόμο έρευνα στο πεδίο του μικροβιώματος των τροφίμων και να αναπτύξει και να υλοποιήσει εκπαιδευτικές δραστηριότητες για τη διάχυση της γνώσης.
• Να σχεδιάσει και να προσφέρει υπηρεσίες τόσο σε ερευνητές όσο και σε επαγγελματίες που δραστηριοποιούνται σε σχετικούς τομείς με σκοπό να ενισχύσει την τεχνογνωσία και την ανάπτυξη του αγροδιατροφικού τομέα.
• Να υλοποιήσει πλάνο εκσυγχρονισμού των εργαστηρίων των φορέων της με εξοπλισμό τελευταίας τεχνολογίας, νέο προσωπικό και εξειδικευμένους επιστήμονες ώστε να καταστεί πιο αποδοτική.
• Να συμμετέχει και να αναπτύξει δίκτυα και συνεργασίες με μονάδες και εταιρείες τροφίμων, ερευνητές, εθνικά και ευρωπαϊκά κέντρα και ερευνητικές υποδομές, ώστε να αξιοποιήσει πιο αποτελεσματικά τις νέες τεχνολογίες. Η υποδομή θα αναζητήσει και ταυτόχρονα θα δημιουργήσει ευκαιρίες για νέες συνεργασίες αριστείας με τοπικούς φορείς και επιχειρήσεις, όπως και διεθνείς οργανισμούς για ανταλλαγή γνώσης αλλά και για διεθνή αναγνωρισιμότητα.
• Η ενδυνάμωση της οργανωσιακής της δομής και του πλαισίου λειτουργίας ώστε να αποτελέσει πρότυπο αριστείας και να πετύχει τους στόχους της.

Επιστημονικοί και ερευνητικοί στόχοι:

• απομόνωση και χαρακτηρισμό δυνητικά ευεργετικών (προβιοτικών) μικροοργανισμών από πολλαπλές πηγές,
• αξιοποίηση προβιοτικών στελεχών για την παραγωγή νέων λειτουργικών τροφίμων, κλινικά τεκμηριωμένων,
• αξιοποίηση βοτάνων και αρωματικών φυτών για την ανάπτυξη νέων συστατικών τροφίμων με λειτουργικές ιδιότητες και θετικές επιδράσεις στο μικροβίωμα των τροφίμων και του ανθρώπου,
• μελέτη επίδρασης του μικροβιώματος των τροφίμων και λειτουργικών συστατικών στο εντερικό μικροβίωμα, και μελέτη αξιοποίησης του μικροβιώματος και του χημικού αποτυπώματος (προφίλ) για τον έλεγχο της αυθεντικότητας των τροφίμων.